بگفته جان بورتان مجازات زناکار در قرآن[۲] مورد با مجازات سنگسار تفاوت دارد. برخی از فقیهان قدیمی دقیقاً به همین دلیل مجازات سنگسار را رد می‌کردند اما در کل اجماعی تقریباً متفق‌القول بین فقیهان در مورد مجازات سنگسار برای زنا وجود داشت. برای بسیاری پذیرش اینکه رفتار و گفتار یک انسان (حتی اگر محمد
باشد) بتواند جایگزین کلمات خدا بشوند وجود نداشت، و به همین دلیل اینگونه
استدلال می‌کردند که حتماً می‌بایست آیه سنگساری بوده که در قرآن قرار
داده نشده اما حجیت آن باقی مانده‌است. در تفاسیر قدیمی روایاتی منتسب به ابی ابن کعب، ابوموسی اشعری، عایشه و غیره نقل شده که مضمون آنها کنار ماندن برخی از آیات در قرآن تدوین شده می‌باشد.[۳] بدین سان برخی از علمای اهل سنت به صورت سنتی معتقد بودند که محمد تحت نظارت جبرئیل برخی از آیات را در قرآن قرار نداده اگرچه آن آیات هنوز حجیت خود را داشتند.[۴]
خداوند رسول خدا را به حق فرستاد و بر او کتاب را نازل کرد. پس در بین آنچه بر وی نازل شده بود آیه سنگسار بود. پس ما آن را خواندیم فهمیدم و با تمام وجود درک کردیم. رسول خدا سنگسار کرد و ما هم سنگسار نمودیم. پس ترسیدم که اگر مدتی بر مردم بگذرد کسی بگوید که قسم به خدا ما این آیه را در کتاب خدا نمی‌بینیم. پس به سبب ترک یکی از واجبات الهی به گمراهی بیفتند
وقتی آیات مربوط به رجم (سنگسار) و "رضع کبیر" نازل شده بودند، آنها را بر روی کاغذی نوشته بودند و زیر بالین من قرار داشت. بعد از وفات پیغمبر، درحالی که ما مشغول به سوگواری برای پیغمبر بودیم یک بز آن قطعه کاغذ را خورد.
بگفته دوتان وجود حدیث فوق نشان دهنده حضور گروهی بوده که با مجازات سنگسار مخالف بوده‌اند؛ ابن حجر عسقلانی آنها را گروهی از معتزله و خوارج معرفی کرده‌است.[۱۳]
شمشیرهایتان بر دوشتان قرار دارد، بر سالم و ناسالم فرود می‌آورید، و گناهکار و بی گناه را با هم مخلوط می‌کنید، و حال اینکه می‌دانید پیامبر صلّی اللّه علیه وآله زناکار همسردار را سنگسار می‌کرد سپس بر جنازه‌اش نماز می‌خواند و ارثش را به اهلش می‌سپرد... و زناکار بی‌همسر را تازیانه می‌زد، آن گاه قسمت هر دو را از غنیمت می‌پرداخت و حق داشتند زنان مسلمان را به همسری بگیرند...
جان بورتان معتقد است که اصل ماجرای ظهور سنگسار به عنوان مجازات ممکن است به قضاوت‌های محمد درباره یهودیانی که به نزد او آورده شده‌اند باز گردد. مواردی که در آن محمد، یهودیان را به کتمان آنچه در تورات
آمده متهم می‌کند. بورتان با اشاره به اینکه تفاسیر قدیمی قرآن تنها به
مجازات سنگسار در آیات مربوط به بحث میان محمد و یهودیان اشاره می‌کنند،
می‌گوید که ممکن است ظهور مجازات سنگسار نتیجه تلاش مفسرین برای فهم آیاتی
از قرآن بوده باشد که پایه قضاوت محمد در مورد یهودیان را تشکیل می‌داده
است.[۱۵]
عبدالله بن عمر روایت می‌کند:[۱۷]
یک یهودی زن و مردی را از میان خودشان آورد که با هم رابطه نامشروع
داشتند. پیامبر اسلام دستور داد این ۲ را در نزدیک قبرستان مسجد سنگسار
کنند.الشیبانی روایت می‌کند من از عبدلله ابن ابوجعفر پرسیدم «آیا رسول خدا مجازات سنگسار را انجام می‌داد؟»، پاسخ داد «بلی»، پرسیدم «قبل از نزول سوره نور، یا بعد از آن»، گفت «نمیدانم».[۱۸] الشعبی روایت می‌کند بعد از اینکه علی زنی را در یک روز جمعه سنگسار کرد، گفت «من او را طبق سنت رسول الله سنگسار کردم.»[۱۹]
